Panglima perang jahat Gengetsu Kibaoni dikalahkan 444 tahun yang lalu oleh Ninja Terakhir, kepala Keluarga Igasaki. Pada 2015, Tentara Kibaoni mulai membangun kembali kerajaan mereka dan menggunakan ketakutan yang dipanen dari manusia untuk menghidupkannya kembali. Lima anggota keluarga Igasaki harus menggunakan Nintality mereka untuk berubah menjadi Ninninger dan berjuang untuk mencegah kebangkitan Gengetsu Kibaoni.