Berlangsung pada tahun 1937 menjelang Perang Dunia II, ceritanya melibatkan organisasi pelatihan mata-mata misterius yang dikenal sebagai “D Agency.” Organisasi ini didirikan oleh Letnan Kolonel Yuuki dari Tentara Kekaisaran Jepang. Cita-citanya membawanya untuk merekrut orang-orang di luar lulusan dan personel akademi militer, sambil melatih mereka untuk menjadi agen terampil dalam seni manipulasi. Agen-agen ini akan menjadi tim khusus untuk melakukan operasi. Salah satu agen anti-pahlawan tersebut, dengan nama Jirou Gamou, menjalankan misi mengerikan untuk mengungkap dokumen rahasia berjudul “Catatan Hitam,” sambil melawan pasukan dari dalam dan tanpa barisannya sendiri.
