Pengabaian sembrono Edward dan Alphonse Elric terhadap hukum dasar alkimia merobek setengah dari anggota badan Ed dari tubuhnya dan membuat jiwa Al melekat pada baju zirah yang dingin. Untuk memulihkan apa yang hilang, saudara-saudara menjelajahi tanah yang dilanda perang untuk Batu Bertuah, peninggalan dongeng yang memberikan kemampuan untuk melakukan alkimia dengan cara yang mustahil.
Elrics tidak sendirian dalam pencarian mereka; Militer Negara yang korup juga ingin memanfaatkan kekuatan artefak. Begitu juga Homunculi yang aneh dan pencipta bayangan mereka. Permata mitos memikat para alkemis eksotis dari kerajaan yang jauh, melukai beberapa orang cukup dalam untuk menginspirasi pembunuhan. Ketika Elric menemukan arah mereka diubah oleh musuh dan sekutu ini, tujuan mereka tetap tidak berubah – dan ikatan mereka tidak dapat dipatahkan.