Pada tahun 2039, pemanasan global telah menyebabkan naiknya permukaan air laut dan hilangnya sejumlah besar wilayah. Seolah-olah sebagai tanggapan, sekelompok kapal perang misterius yang diselimuti kabut, “Armada Kabut,” muncul di setiap sudut lautan, dan mulai menyerang kapal manusia. Meskipun umat manusia mengerahkan semua kekuatan mereka, mereka benar-benar dikalahkan oleh kekuatan Kabut yang luar biasa. Semua jalur perdagangan umat manusia diblokade oleh Armada Kabut, ekonomi politik mereka dihancurkan, dan ras manusia terus-menerus dipukuli. Tujuh tahun kemudian, kapal selam Armada Kabut I-401 muncul di hadapan kadet Gunzo Chihaya. Bentuk kehidupan humanoid yang mengemudikan kapal selam, yang seharusnya menjadi musuh mereka, malah menawarkan jasanya kepada umat manusia.
