Angel Beats mengambil tempat di alam baka dan berfokus pada Otonashi, seorang anak laki-laki yang kehilangan ingatannya akan hidupnya setelah meninggal. Dia terdaftar di sekolah akhirat dan bertemu dengan seorang gadis bernama Yuri yang mengundangnya untuk bergabung dengan Afterlife Battlefront — sebuah organisasi yang dipimpinnya yang berperang melawan Tuhan. Pertarungan Battlefront melawan ketua OSIS Angel, seorang gadis dengan kekuatan supernatural.
