Di Jepang pada tahun 2035, sebuah kecelakaan yang dikenal sebagai "Burst" terjadi selama proyek penelitian, memunculkan bentuk kehidupan buatan yang tidak terkendali yang disebut "Matter" yang telah menyebar ke seluruh Kurobe Gorge. Kota penelitian yang pernah dielu-elukan sebagai harapan umat manusia itu ditutup oleh pemerintah. Dua tahun kemudian, Aiko Tachibana yang berusia 15 tahun, yang kehilangan keluarganya di Burst, belajar sesuatu yang luar biasa dari Yuya Kanzaki, seorang siswa baru di sekolahnya. Sebuah rahasia tersembunyi di dalam tubuhnya, dan jawaban dari teka-teki itu terletak di "Titik Utama" yang merupakan pusat dari Ledakan. Aiko memutuskan untuk menyusup ke area terlarang, dikawal oleh tim penyelam dan dengan Yuya sebagai pemandunya. Ketika anak laki-laki bertemu gadis dengan nasib kemanusiaan di tangan mereka, kebenaran baru apa yang akan terungkap?
