Setelah Madoka menulis ulang alam semesta, mengorbankan dirinya dan hari-hari normalnya yang membahagiakan untuk menyelamatkan semua gadis penyihir dari nasib kejam yang menunggu mereka dengan memusnahkan penyihir, keputusasaan masih bermanifestasi menjadi makhluk yang dikenal sebagai mimpi buruk. Gadis ajaib Homura Akemi terus bertarung sendirian dengan harapan bisa melihat senyum Madoka lagi.