Setelah menyadari nilai kehidupan dan pentingnya sekutunya sendiri, Makoto akhirnya mendapatkan senyumnya kembali. Saat musim semi berubah menjadi musim panas, dia mendapati dirinya belajar lebih banyak tentang rekan-rekan itu dan semakin dekat dengan mereka. Dia bahkan bertemu teman baru, termasuk Aegis, seorang android anti-Bayangan, Ken, seorang siswa sekolah dasar yang berusaha membalas dendam untuk mendiang ibunya, dan Koromaru, seekor anjing yang dapat menggunakan Persona. Makoto berharap semuanya akan berlanjut seperti apa adanya. Namun, sedikit demi sedikit, potongan-potongan dan orang-orang dalam kehidupan baru Makoto yang bahagia mulai berantakan, dan dia terpaksa menderita kerugian yang menyertainya.