Pada musim semi, siswa laki-laki Makoto Yuki pindah ke SMA Gekkoukan. Namun, saat dia menuju ke asrama barunya, mendengarkan musik di headphone, dia dihentikan. Lebih tepatnya, waktu telah berhenti, dan orang-orang yang ada di sekitarnya berubah menjadi peti mati. Makoto mengetahui bahwa periode waktu yang tersembunyi di antara menit tengah malam ini disebut Dark Hour, saat monster yang disebut Shadows muncul. Tiba-tiba membuat pemimpin teman sekelasnya Yukari dan Junpei oleh kakak kelasnya Mitsuru dan Akihiko, Makoto harus belajar empati, hubungannya dengan rekan-rekannya, dan arti kematian. Dengan kekuatan Evoker yang diarahkan ke kepalanya, Makoto bertarung melawan Shadows yang mengancam akan menyerang dunianya dari menara misterius Tartarus.
