Dibebaskan dari tanggung jawabnya dengan Organisasi 501, Motoko Kusanagi sekarang harus belajar bagaimana menerima perintah dari Aramaki. Seseorang meretas Logicomas, dan Batou meminta bantuan mantan perwira intelijen militer Ishikawa dan mantan ahli artileri udara Borma. Kusanagi juga berusaha untuk meminta penembak jitu ace Saito dan polisi yang menyamar Paz ke dalam Bagian Keamanan Publik 9 yang baru.