Flying Swords of Dragon Gate mengambil tiga tahun setelah Dragon Inn yang terkenal dibakar di gurun ketika pemilik penginapannya, Jade, lenyap. Sekelompok perampok baru telah mengambil alih – pemilik penginapan di siang hari dan pemburu harta karun di malam hari. Penginapan tersebut merupakan rumor lokasi kota hilang yang terkubur di bawah gurun, dan harta karunnya yang terpendam hanya akan terungkap oleh badai raksasa setiap 60 tahun. Geng tersebut menggunakan penginapan sebagai front untuk menemukan harta karun yang hilang.
