Film ini berlatarkan kapal Aegis yang canggih dengan kerja sama penuh dari Kementerian Pertahanan dan Pasukan Bela Diri Maritim Jepang. Mayat anggota Pasukan Bela Diri telah ditemukan – tanpa lengan kiri – dan seorang mata-mata telah menyusup ke kapal Aegis. Pahlawan Ran berada dalam bahaya, dan Conan dipaksa untuk melawan Spy “X” yang berbahaya.